sidebar-main
title
griff
banner-button_0 banner-button_Layer-7 banner_button_03 banner-button_Layer-4 banner-button_05 banner-button_Layer-5 banner-button_07
banner-button_08 banner-button_09 banner-button_10
Bioinformatics Unit banner
   homeoffresearchoffconfoffprogonmemoffpuboffvacofflinkoff
   tabfoot tabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bgtabfoot-bg

PRALINE sequence alignment results for job Example_7

Back to PRALINE main page
 
The PRALINE alignment process was completed in 3294.0 seconds.

Alignment score = 220922.00
Alignment score per aligned residue pair = 8.90
Sequence identities = 4991
Percent sequence identity = 0.20
Number of sequences = 12
Alignment length = 504
Number of residues = 4896
Number of gaps = 1152



Download the final alignment [p450.msf]
Download PRALINE raw output file [results.out]
Download PSI-BLAST output files
Download Secondary structure prediction files

 

Results colour-coded for amino acid conservation

The current colourscheme of the alignment is for amino acid conservation.

         

The conservation scoring is performed by PRALINE. The scoring scheme works from 0 for the least conserved alignment position, up to 10 for the most conserved alignment position.
The colour assignments are:

Unconserved 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Conserved


  . . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . 30 . . . . . . . . . 40 . . . . . . . . . 50
1n97a M K R - L S L R E A - - - - - W P Y L - - - - - K D L Q Q D - P L A V L L A W G R A H P - R L - - -
1jpza - - T I K E M P Q P K T F G E L K N L - - - - - P L L N T D K P V Q A L M K I A D E L G E I F - - -
1e9xa M S A V A L P R V S G G H D E H G H L - - - - - E E F R T D - P I G L M Q R V R D E C G D V G - - -
1dt6a - - - - - - P P G P T P F P I I G N I - - - - - L Q I D A K D I S K S L T K F S E C Y G P V F - - -
1gwia - - - - - - - - A R I - P L - - - - - - - - - - D P F V T D - L D G E S A R L R A A G P L A A - - -
1jipa - - - - - T T V P D L - E S - - - - - - - - - - D S F H V D - W Y R T Y A E L R E T A P V T P - - -
1jfba - - - - - - - A P S F P F S - - - - - - - - - - R A S G P E - P P A E F A K L R A T N P V S Q - - -
1n40a - - - - A T V L L E V P F - - - - - - - - - - - S A R G D R - I P D A V A E L R T R E P I R K - - -
1lfka - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D - P R P L H I R R Q G L D P A D E L L A
1cpt M D A R A T I P E H I A R T V I L P Q G - - - - Y A D D E V - I Y P A F K W L R D E Q P L A M - - -
1qmqa - A N L A P L P P H V P E H L V F D F D M Y N P S N L S A G - V Q E A W A V L Q E S N V P D L - - -
1io7a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M Y D W F S E M R K K D P V Y Y - - -
Consistency0 0 0 0 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 2 2 2 2 4 0 4 2 3 4 4 4 4 5 6 4 4 2 5 3 3 3 0 0 0
 
  . . . . . . . . . 60 . . . . . . . . . 70 . . . . . . . . . 80 . . . . . . . . . 90 . . . . . . . . . 100
1n97a - - - F L P L P R F P L A L I F D P E G V E G A L L A - - - E G T T K A T - - - - - - - - - - - F Q
1jpza - - - K F E A P G R V T R Y L S S Q R L I K E A C D E - - S R F D K N L S - - - - - - - - - - - Q A
1e9xa - - - T F Q L A G K Q V V L L S G S H A N E F F F R A - - G D D D L D Q A - - - - - - - - - - - K A
1dt6a - - - T V Y L G M K P T V V L H G Y E A V K E A L V D - - L G E E F A G R - - - - - - - - - - - G S
1gwia - - - V E L P G G V P V W A V T H H A E A K A L L T D P R L V K D I N V W G A W R R G - - E I P A D
1jipa - - - V R F L - G Q D A W L V T G Y D E A K A A L S D L R L S S D P K K K Y P G V E V E F P A Y L G
1jfba - - - V K L F D G S L A W L V T K H K D V C F V A T S E K L S K V R T R Q G F P E - - - - - - - L S
1n40a - - - V R T I T G A E A W L V S S Y A L C T Q V L E D R R F S M K E T A A A G A P - - - - - - - - -
1lfka A G A L T R V T A E T H W M A T A H A V V R Q V M G D H Q Q F S T R R R - - - - - - - - - - - - - -
1cpt - - - A H I E G Y D P M W I A T K H A D V M Q I G K Q P G L F S N A E G S E I L Y D Q N N E A F M R
1qmqa - - - V W T R C N G G H W I A T R G Q L I R E A Y E D Y R H F S S E C P F - - - - I P R E A G E A -
1io7a - - - - - - - - D G N I W Q V F S Y R Y T K E V L N N F S K F S S D L T G Y H - - - E R L E D L R N
Consistency0 0 0 4 2 2 3 2 4 3 3 4 5 5 6 5 4 4 4 3 5 5 4 6 4 3 5 1 2 3 3 4 4 3 3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2
 
  . . . . . . . . . 110 . . . . . . . . . 120 . . . . . . . . . 130 . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . 150
1n97a Y R A L S R L T - G R G L L T - - D W G E S W K E A R K A L K D P F - L P K N V R - G Y R E A M E E
1jpza L K F V R D F A - G D G L F T S W T H E K N W K K A H N I L L P S F - S Q Q A M K - G Y H A M M V D
1e9xa Y P F M T P I F - G E G V V F - - - D A S P E R R K E M L H N A A L - R G E Q M K - G H A A T I E D
1dt6a V P I L E K V S K G L G I A F - - S N A K T W K E M R R F S L M T L R N F G M G K R S I E D R I Q E
1gwia W P L I G L A N P G R S M L T - - V D G A E H R R L R T L V A Q A L - T V R R V E - H M R G R I T E
1jipa F P E D V R N Y F A T N M G T - - S D P P T H T R L R K L V S Q E F - T V R R V E - A M R P R V E Q
1jfba A S G K Q A A K A K P T F V D - - M D P P E H M H Q R S M V E P T F - T P E A V K - N L Q P Y I Q R
1n40a - R L N A L T V P P E V V N N - - M G N I A D A G L R K A V M K A I - T P K - A P - G L E Q F L R D
1lfka - - - - W D P E L V G N L M D - - Y D P P E H T R L R R K L T P G F - T L R K M Q - R M A P Y I E Q
1cpt S I S G G C P H V I D S L T S - - M D P P T H T A Y R G L T L N W F - Q P A S I R - K L E E N I R R
1qmqa - - - - - - - - Y D F I P T S - - M D P P E Q R Q F R A L A N Q V V - G M P V V D - K L E N R I Q E
1io7a G K I R F D I P T R Y T M L T - - S D P P L H D E L R S M S A D I F - S P Q K L Q - T L E T F I R E
Consistency1 2 2 2 2 2 2 2 1 3 2 4 5 4 4 0 0 3 5 4 4 4 4 4 4 4 8 4 5 4 3 4 3 6 0 4 3 4 3 6 5 0 4 5 5 3 3 8 5 6
 
  . . . . . . . . . 160 . . . . . . . . . 170 . . . . . . . . . 180 . . . . . . . . . 190 . . . . . . . . . 200
1n97a E A R A F F G E W R - - - - G E - E R D L D H E M L A - L S L R L L G R A L F G K P L S P S L A - -
1jpza I A V Q L V Q K W E R L N A D E - H I E V P E D M T R - L T L D T I G L C G F N Y R F N S F Y R D Q
1e9xa Q V R R M I A D W G E - - - A G - E I D L L D F F A E - L T I Y T S S A C L I G K - - K F R D Q - L
1dt6a E A R C L V E E L R K - T N A S - P C D P T F I L G C - A P C N V I C S V I F H N R F D Y K - - - -
1gwia L T D R L L D E L P A D G G - - - V V D L K A A F A Y P L P M Y V V A D L M G I E E A R L - - - - -
1jipa I T A E L L D E V G D S G V - - - - V D I V D R F A H P L P I K V I C E L L G V D E K Y R - - - - -
1jfba T V D D L L E Q M K Q K G C A N G P V D L V K E F A L P V P S Y I I Y T L L G V P F N D L - - - - -
1n40a T A N S L L D N L I T E G A - - - P A D L R N D F A D P L A T A L H C K V L G I P Q E D G - - - - -
1lfka I V N D R L D E M E R A G S - - - P A D L I A F V A D K V P G A V L C E L V G V P R D D R - - - - -
1cpt I A Q A S V Q R L L D F D G - - - E C D F M T D C A L Y Y P L H V V M T A L G V P E D D E - - - - -
1qmqa L A C S L I E S L R P - Q G - - - Q C N F T E D Y A E P F P I R I F M L L A G L P E E D I - - - - -
1io7a T T R S L L D S I D P R E - - - - - D D I V K K L A V P L P I I V I S K I L G L P I E D K - - - - -
Consistency4 6 3 4 6 7 5 5 5 3 3 1 3 2 0 0 0 3 4 8 6 3 3 3 5 7 2 2 6 6 4 3 7 5 3 4 5 6 5 4 4 3 2 5 2 0 0 0 0 0
 
  . . . . . . . . . 210 . . . . . . . . . 220 . . . . . . . . . 230 . . . . . . . . . 240 . . . . . . . . . 250
1n97a - E H A L K A L D R I M A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q T R S P L A L L D L A A E A R
1jpza P H P F I T S M V R A L D E A M N K L Q R A N P D D P A Y D E N K R Q F Q E D I K V M N D L V D K I
1e9xa D G R F A K L Y H E L E R G T D P L - - - A Y V D P Y L P I E S F R R R D E A R N G L V A L V A D I
1dt6a D E E F L K L M E S L H E N V E L - - - - L G T P L D Y F P G I H K T L L K N A D Y I K N F I M E K
1gwia - P R L K V L F E K F F S - - - - - - - - - - - - - - T - Q T P P E E V V A T L T E L A S I M T D T
1jipa - G E F G R W S S E I L V - - - - - - - - - - - - - - M D P E R A E Q R G Q A A R E V V N F I L D L
1jfba - E Y L T Q Q N A I R T N - - - - - - - - - - - - - - G - S S T A R E A S A A N Q E L L D Y L A I L
1n40a - P K L F R S L S I A F M - - - - - - - - - - - - - - S S A D P I P A A K I N W D R D I E Y M A G I
1lfka - D M F M K L C H G H L D - - - - - - - - - - - - - - A - S L S Q K R R A A L G D K F S R Y L L A M
1cpt - P L M L K L T Q D F F G - - - - - - - - - - - - - - - - V E A A R R F H E T I A T F Y D Y F N G F
1qmqa - P H L K Y L T D Q M T R - - - - - - - - - - - - - - - - P D G S M T F A E A K E A L Y D Y L I P I
1io7a - E K F K E W S D L V A F - - - - - - - - - - - - - - R - L G K P G E I F E L G K K Y L E L I G Y V
Consistency0 4 3 6 3 5 4 3 4 3 4 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 3 2 2 3 5 3 3 5 3 3 4 3 5 3 4 5 6 3 3 5
 
  . . . . . . . . . 260 . . . . . . . . . 270 . . . . . . . . . 280 . . . . . . . . . 290 . . . . . . . . . 300
1n97a F R K D R G A - - - - - - - - L Y R E A E A L I V H - P P L S H - L P R E R A L S E A V T L L V A G
1jpza I A D R K A S Q - - - - - S D D L L T H M L N G K D P E T G E P - L D D E N I R Y Q I I T F L I A G
1e9xa M N G R I A N P P T D K S D R D M L D V L I A V K A - E T G T P R F S A D E I T G M F I S M M F A G
1dt6a V K E H Q K L L - D V N N P R D F I D C F L I - K M E Q E N N L E F T L E S L V I A V S D L F G A G
1gwia V A A K R A A P - - - - - G D D L T S A L I Q A S E - N G - D H - L T D A E I V S T L Q L M V A A G
1jipa V E R R R T E P - - - - - G D D L L S A L I R V Q D - D D D G R - L S A D E L T S I A L V L L L A G
1jfba V E Q R L V E P - - - - - K D D I I S K L C T E Q V - K P - G N - I D K S D A V Q I A F L L L V A G
1n40a L E N P N - - I - - - - - T T G L M G E L S R L R K D P A Y S H - V S D E L F A T I G V T F F G A G
1lfka I A R E R K E P - - - - - G E G M I G A V V A E Y G - - - - D D - A T D E E L R G F C V Q V M L A G
1cpt T V D R R S C P - - - - - K D D V M S L L A N S K L - - D G N Y - I D D K Y I N A Y Y V A I A T A G
1qmqa I E Q R R Q K P - - - - - G T D A I S I V A N G Q V - - N G R P - I T S D E A K R M C G L L L V G G
1io7a K D H L N - - S - - - - - G T E V V S R V V N S N - - - - - - - - L S D I E K L G Y I I L L L I A G
Consistency5 4 4 4 5 3 2 4 0 0 0 0 0 3 4 5 5 6 5 3 6 5 4 3 4 2 0 1 2 1 3 2 0 6 5 4 5 4 5 4 3 3 3 4 4 6 6 4 9 *
 
  . . . . . . . . . 310 . . . . . . . . . 320 . . . . . . . . . 330 . . . . . . . . . 340 . . . . . . . . . 350
1n97a H E T V A S A L T W S F L L L S H R P D W Q K R V A E S E E A A L - - - - - - - - - - - - - - - - -
1jpza H E T T S G L L S F A L Y F L V K N P H V L Q K A A E E A A R V L V D P V - P S Y K Q V K Q L K Y V
1e9xa H H T S S G T A S W T L I E L M R H R D A Y A A V I D E L D E L Y G D G R S V S F H A L R Q I P Q L
1dt6a T E T T S T T L R Y S L L L L L K H P E V A A R V Q E E I E R V I G R H R S P C M Q D R S R M P Y T
1gwia H E T T I S L I V N A V V N L S T H P E Q R A L V L S G E A E W - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1jipa F E S S V S L I G I G T Y L L L T H P D Q L A L V R R D P S A L - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1jfba N A T M V N M I A L G V A T L A Q H P D Q L A Q L K A N P S L A - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1n40a V I S T G S F L T T A L I S L I Q R P Q L R N L L H E K P E L I - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1lfka D D N I S G M I G L G V L A M L R H P E Q I D A F R G D E Q S A - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1cpt H D T T S S S S G G A I I G L S R N P E Q L A L A K S D P A L I - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1qmqa L D T V V N F L S F S M E F L A K S P E H R Q E L I E R P E R I - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1io7a N E T T T N L I S N S V I D F T R F N L W Q R I R E - - E N L Y - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Consistency3 5 7 5 5 5 4 6 4 3 6 6 5 3 8 5 5 5 7 5 3 4 5 4 5 3 4 4 4 5 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
  . . . . . . . . . 360 . . . . . . . . . 370 . . . . . . . . . 380 . . . . . . . . . 390 . . . . . . . . . 400
1n97a - A A F Q E A L R L Y P P A W - I L T R R L E R P L L L - G E D R L P P G T T L V L S P Y V T Q R L
1jpza G M V L N E A L R L W P T A P - A F S L Y A K E D T V L G G E Y P L E K G D E L M V L I P Q L H R D
1e9xa E N V L K E T L R L H P P L I - I L M R V A K G E F E V - Q G H R I H E G D L V A A S P A I S N R I
1dt6a D A V I H E I Q R F I D L L P T N L P H A V T R D V R F - R N Y F I P K G T D I I T S L T S V L H D
1gwia S A V V E E T L R F S T P T S H V L I R F A A E D V P V - G D R V I P A G D A L I V S Y G A L G R D
1jipa P N A V E E I L R Y I A P P E - T T T R F A A E E V E I - G G V A I P Q Y S T V L V A N G A A N R D
1jfba P Q F V E E L C R Y H T A S A L A I K R T A K E D V M I - G D K L V R A N E G I I A S N Q S A N R D
1n40a P A G V E E L L R I N L S F A D G L P R L A T A D I Q V - G D V L V R K G E L V L V L L E G A N F D
1lfka Q R A V D E L I R Y L T V P Y S P T P R I A R E D L T L - A G Q E I K K G D S V I C S L P A A N R D
1cpt P R L V D E A V R W T A P V K - S F M R T A L A D T E V - R G Q N I K R G D R I M L S Y P S A N R D
1qmqa P A A C E E L L R R F S L V A - - D G R I L T S D Y E F - H G V Q L K K G D Q I L L P Q M L S G L D
1io7a L K A I E E A L R Y S P P V M - R T V R K T K E R V K L - G D Q T I E E G E Y V R V W I A S A N R D
Consistency3 4 5 6 6 * 5 6 * 4 3 4 4 4 3 0 2 4 3 7 3 6 4 5 6 5 4 6 0 5 5 3 3 8 4 5 7 6 3 8 6 5 5 3 3 4 6 5 6 7
 
  . . . . . . . . . 410 . . . . . . . . . 420 . . . . . . . . . 430 . . . . . . . . . 440 . . . . . . . . . 450
1n97a H - - F - P D G - E A F R P E R F L E - - - E R G T P S G R Y F P F G L G Q R L C L G R D F A L L E
1jpza K T I W - G D D V E E F R P E R F E N - - - P S A I P Q H A F K P F G N G Q R A C I G Q Q F A L H E
1e9xa P E D F - P D P - H D F V P A R Y E Q P R Q E D L L N R W T W I P F G A G R H R C V G A A F A I M Q
1dt6a E K A F - P N P - K V F D P G H F L D E S - G N F K K S D Y F M P F S A G K R M C V G E G L A R M E
1gwia E R A H G P T A - D R F D L T R T S - - - - - - - - - G N R H I S F G H G P H V C P G A A L S R M E
1jipa P K Q F - P D P - H R F D V T R D T - - - - - - - - - - R G H L S F G Q G I H F C M G R P L A K L E
1jfba E E V F - E N P - D E F N M N R K W P - - - - - - - - P Q D P L G F G F G D H R C I A E H L A K A E
1n40a P E H F - P N P - G S I E L D R P N - - - - - - - - - P T S H L A F G R G Q H F C P G S A L G R R H
1lfka P A L A - P D V - D R L D V T R E P - - - - - - - - - - I P H V A F G H G V H H C L G A A L A R L E
1cpt E E V F - S N P - D E F D I T R F P - - - - - - - - - - N R H L G F G W G A H M C L G Q H L A K L E
1qmqa E R E N - A A P - M H V D F S R Q K - - - - - - - - - - V S H T T F G H G S H L C L G Q H L A R R E
1io7a E E V F - H D G - E K F I P D R N P - - - - - - - - - - N P H L S F G S G I H L C L G A P L A R L E
Consistency5 4 3 5 0 5 5 4 0 4 4 7 4 4 4 8 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 3 5 5 4 * 9 3 * 3 7 4 * 5 9 5 3 7 8 5 5 8
 
  . . . . . . . . . 460 . . . . . . . . . 470 . . . . . . . . . 480 . . . . . . . . . 490 . . . . . . . . . 500
1n97a G P I V L R A F F R R F - R L - D P - L P F P R V L A Q - - - V T L R P E G G L P A R P R E - - - -
1jpza A T L V L G M M L K H F - D F - E D - H T N Y E L D I K E - T L T L K P E G F - V V K A K S K K I P
1e9xa I K A I F S V L L R E Y - E F E M A - Q P P E S Y R N D H S K M V V Q L A Q P A C V R Y R R R T - -
1dt6a L F L F L T S I L Q N F - K L Q S L V E P K D L D I T A V V N G F V S V P P S Y Q L C F I P I H H -
1gwia A G V A L P A L Y A R F P H L D L A V P A A E L R N K P V - V T Q N D L F - - - E L P V R L A H H -
1jipa G E V A L R A L F G R F P A L S L G I D A D D V V W R R S - L L L R G I D - - - H L P V R L D G - -
1jfba L T T V F S T L Y Q K F P D L K V A V P L G K I N Y T P L - N R D V G I V - - - D L P V I F - - - -
1n40a A Q I G I E A L L K K M P G V D L A V P I D Q L V W R T R - F Q R R I P E - - - R L P V L W - - - -
1lfka L R T V F T E L W R R F P A L R L A D P A Q D T E F R L T - T P A Y G L T - - - E L M V A W - - - -
1cpt M K I F F E E L L P K L K S V E L S - - - G P P R L V A T - N F V G G P K - - - N V P I R F T K A -
1qmqa I I V T L K E W L T R I P D F S I A - - P G A Q I Q H K S - G I V S G V Q - - - A L P L V W D P A T
1io7a A R I A I E E F S K R F R H I E I - - - - L D T E K V P N - E V L N G Y K - - - R L V V R L K S - -
Consistency4 3 6 4 6 4 5 6 5 4 6 7 2 3 6 3 5 4 1 2 3 2 4 3 3 2 3 3 3 0 2 3 3 3 4 4 3 0 0 0 3 7 4 5 4 2 1 1 0 0
 
  . . . .
1n97a - - - -
1jpza L G G I
1e9xa - - - -
1dt6a - - - -
1gwia - - - -
1jipa - - - -
1jfba - - - -
1n40a - - - -
1lfka - - - -
1cpt - - - -
1qmqa T K A V
1io7a - - - -
Consistency0 0 0 0
 

(c) IBIVU 2019. If you are experiencing problems with the site, please contact the webmaster.