Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 -1 2 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 82 0 0 0 0 0 0 0 1.73 0.86 2 S -2 -2 4 -3 4 -3 -3 -3 0 -3 -5 -1 -4 -5 2 4 3 -6 -4 -4 1 1 18 0 8 0 0 0 3 1 0 3 0 0 10 40 16 0 0 0 0.81 1.21 3 A 3 -1 -4 -4 -2 0 -1 -2 -4 -4 -2 1 -4 -5 4 1 2 -6 -5 -3 28 3 0 0 1 4 4 2 0 0 4 8 0 0 24 11 11 0 0 1 0.63 1.30 4 V 0 -2 2 -3 -4 -2 -4 -5 0 -1 3 2 -1 -2 0 -2 1 3 -1 0 9 2 12 1 0 1 0 0 2 3 28 13 1 1 6 2 7 5 2 7 0.33 1.33 5 A 1 2 -2 -1 -5 -1 0 -3 -2 -3 -4 2 -4 -5 5 0 0 -6 -4 -4 12 12 2 3 0 2 6 2 1 2 1 12 0 0 31 7 6 0 1 1 0.67 1.40 6 L -3 -5 -4 -5 -5 1 -4 -3 -2 1 4 -3 -1 0 4 -4 -2 -5 -1 0 1 0 1 0 0 8 0 2 1 6 42 1 1 4 23 0 2 0 2 7 0.77 1.52 7 P -3 -5 -5 -5 -6 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -3 -5 -3 9 -4 -4 -7 -6 -3 2 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 1 91 0 0 0 0 2 2.67 1.56 8 R -3 -1 -3 -3 -6 -2 -3 -4 -4 -3 -2 -2 0 -5 8 -3 -3 -6 -3 0 1 4 1 1 0 1 1 1 0 1 4 1 3 0 68 2 1 0 1 9 1.71 1.66 9 V -2 -4 -4 -4 -1 -5 -4 6 -4 0 -3 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 2 2 1 0 0 1 0 1 57 0 5 3 3 0 0 1 5 3 0 0 16 1.00 1.65 10 S -3 -1 -4 -1 -5 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -4 2 7 0 -2 -2 -3 -2 1 4 0 4 0 2 2 4 0 2 1 1 0 9 57 8 2 1 0 2 1.32 1.65 11 G -1 2 1 -3 -4 -1 -2 0 4 -4 -3 2 -1 -1 3 0 0 2 -1 -4 4 11 6 1 0 3 3 8 9 1 2 12 2 3 16 7 7 3 2 1 0.36 1.64 12 G 1 -1 -3 -4 -2 -2 -4 4 -5 -5 -2 -1 -3 -3 3 0 0 7 -4 -4 10 4 1 0 1 2 0 31 0 0 4 5 1 1 14 6 6 13 0 1 0.73 1.64 13 H -3 -2 -3 -4 -5 -4 -3 -6 5 1 3 -4 -1 2 -1 -4 -3 6 1 0 2 2 1 1 0 0 2 0 13 8 32 0 1 8 4 1 1 11 5 6 0.69 1.63 14 D -2 -3 -5 -4 -5 -4 -3 -4 0 -5 -4 -4 -5 -3 8 -3 -4 6 -3 -5 4 1 0 1 0 0 1 1 3 0 1 1 0 1 73 1 0 12 0 0 2.14 1.63 15 E -4 -3 -6 -6 -5 -4 -4 -3 -5 4 3 -5 -1 5 -5 -4 -3 3 -1 2 1 1 0 0 0 0 1 3 0 20 31 0 1 21 0 1 1 4 1 13 0.82 1.65 16 H -2 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -6 0 4 3 -5 -1 3 -3 -4 -3 -2 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 3 25 30 0 1 13 1 0 1 1 2 19 0.83 1.65 17 G -2 -3 -3 -3 -5 -4 -4 7 -5 -6 -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 1 2 0 1 0 1 1 88 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.90 1.62 18 H -2 -1 5 -2 -1 1 0 -2 6 -5 -3 -3 -4 -5 -5 2 0 -6 -2 -4 2 2 30 1 1 7 5 3 23 1 2 1 0 0 0 15 5 0 1 1 0.89 1.67 19 L 1 -4 -5 -5 -3 -2 -5 -4 -4 1 3 -3 4 -1 -5 -1 3 -5 -3 0 14 0 0 0 0 2 0 1 0 8 33 1 9 3 0 5 17 0 0 6 0.57 1.68 20 E -1 0 -2 -5 -5 -1 -3 -3 3 2 3 -3 0 1 2 -3 -3 0 -1 0 4 4 2 0 0 2 2 3 7 13 33 1 2 5 9 2 1 1 2 7 0.41 1.66 21 E 0 0 -1 0 -5 4 3 -3 3 -4 -2 0 2 -2 -2 1 0 -1 -1 -3 8 6 3 4 0 18 16 2 7 1 5 5 6 1 2 9 5 1 2 1 0.35 1.64 22 F -4 -5 -5 -6 -5 -3 -5 -5 -3 1 2 -4 3 5 -4 -4 -3 4 5 -1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 7 22 1 8 28 1 1 1 5 19 4 0.96 1.65 23 R -1 2 -1 -2 -5 0 -4 3 -1 1 1 0 0 -1 -4 -3 -1 -2 -3 -1 6 13 2 3 0 5 0 26 2 8 14 5 2 3 1 1 5 0 1 4 0.31 1.67 24 T 0 3 -1 -1 -5 1 0 -2 -1 -1 -1 3 2 -1 0 0 1 -4 -4 -2 6 13 3 3 0 6 6 3 1 3 5 18 5 3 4 7 9 0 0 3 0.23 1.66 25 D -3 -1 2 5 -4 1 0 2 -2 -4 -1 0 -2 -4 -4 0 -2 -6 -3 -4 1 2 9 33 0 6 4 16 1 1 7 6 1 1 1 8 2 0 1 1 0.59 1.66 26 P -2 0 -3 -3 -5 -3 -1 0 -1 -1 -2 -3 -3 -1 7 -1 -1 -6 -4 -3 2 5 1 1 0 0 5 7 1 4 4 1 0 2 57 4 3 0 1 2 1.25 1.68 27 I -3 -1 -4 -3 -2 -1 -1 -5 6 1 2 -2 2 -1 0 -3 -1 3 3 0 1 4 0 2 1 2 5 1 17 8 23 2 5 3 5 1 3 4 8 6 0.47 1.66 28 G 0 2 -1 2 -6 2 2 2 3 -4 -5 1 -4 -5 -2 -1 -2 -6 -3 -2 9 12 3 10 0 9 15 13 6 1 1 10 0 0 2 3 2 0 1 3 0.37 1.70 29 L -1 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -3 0 -1 1 -2 1 6 -5 -1 0 0 2 -1 6 1 0 1 0 1 1 2 3 3 12 3 3 39 0 6 6 1 5 5 0.71 1.70 30 M -2 -5 -5 0 -3 -2 -5 -6 -5 1 4 -5 5 4 -6 -4 -2 0 -1 0 3 0 0 6 0 2 0 0 0 7 36 0 15 19 0 1 2 1 1 6 0.83 1.70 31 Q 0 3 -1 -1 -2 2 3 -4 0 -4 -1 0 1 1 -5 -1 1 1 -2 -3 9 17 2 3 1 10 17 0 2 0 7 6 4 5 0 3 8 2 1 2 0.34 1.70 32 R 0 3 1 2 -4 2 3 -3 -1 -5 -5 2 0 -4 -5 0 -1 -4 -3 -4 9 15 7 11 0 8 19 2 1 0 1 14 2 1 0 7 3 0 1 1 0.48 1.70 33 V -1 1 -1 -5 6 -1 -3 -3 -3 0 3 -2 3 -2 -6 -3 -3 3 0 -1 6 7 3 0 18 3 2 2 1 5 30 3 7 2 0 1 1 4 4 2 0.60 1.70 34 R 3 3 -3 -4 -3 1 -3 -2 2 -1 -4 -2 -3 1 -4 0 -1 0 4 0 24 17 1 0 1 6 1 3 5 3 1 2 0 5 0 7 3 1 12 6 0.43 1.69 35 D 1 4 -1 1 -5 2 2 -2 0 -5 -4 3 -4 -6 -2 -2 -1 -6 -5 -4 11 19 2 7 0 10 15 3 2 0 1 21 0 0 2 2 3 0 0 0 0.58 1.69 36 E -2 4 -1 -1 -4 2 1 -5 -1 -4 -3 5 -2 -6 -4 -2 1 -6 -4 -3 2 19 2 3 0 10 10 0 1 0 2 38 1 0 0 1 7 0 0 1 0.82 1.66 37 C -4 -4 -4 -6 0 -4 -4 -5 5 -4 -1 -3 -2 3 -6 -4 -5 0 8 -4 1 0 0 0 2 0 0 1 16 0 7 1 1 9 0 0 0 1 59 1 1.74 1.67 38 G -2 -2 -3 -3 -5 -4 -4 7 -2 -6 -5 -3 -5 -6 1 -3 -4 -5 -1 -6 2 2 1 1 0 0 1 79 1 0 1 1 0 0 8 1 0 0 2 0 1.66 1.68 39 D -3 -1 -1 5 -1 -1 0 -1 -1 -6 -5 1 -5 -3 5 1 -3 -6 -3 -6 1 3 2 29 2 3 4 6 1 0 0 8 0 1 27 10 1 0 1 0 0.83 1.68 40 V 0 -5 -5 -6 0 -5 -6 -3 -5 4 2 -5 2 -2 -5 -4 0 -3 -4 4 8 0 0 0 2 0 0 2 0 24 19 0 5 1 0 0 5 0 0 32 0.80 1.69 41 G -2 -5 -4 -6 1 -5 -6 -3 0 -1 -1 -5 4 6 -6 -2 -4 5 3 2 2 0 0 0 3 0 0 2 2 3 3 0 11 39 0 4 1 6 10 14 1.05 1.69 42 T -1 3 -3 -5 -3 -2 -2 0 3 -3 -1 2 -1 -3 0 0 3 3 0 -3 4 16 0 0 1 2 1 7 7 1 8 11 2 1 5 6 20 3 3 1 0.37 1.69 43 F -2 -2 -4 -6 -1 -3 -5 -4 -4 1 3 -5 2 4 -6 -3 1 1 -1 2 4 2 1 0 1 1 1 1 0 8 33 0 4 19 0 2 8 2 2 12 0.62 1.69 44 Q -3 4 0 -2 -5 1 -3 -2 3 -1 -4 1 -1 -1 -1 0 -2 8 2 -2 1 20 4 3 0 7 0 3 6 4 1 7 1 2 3 6 2 20 6 3 0.70 1.69 45 L -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -4 -5 2 4 -4 4 3 -6 -2 -2 -4 -3 1 4 0 0 5 0 1 1 1 0 10 40 0 11 11 0 3 2 0 0 9 0.67 1.68 46 A -1 -5 -4 -5 -1 -4 -5 5 -3 -3 1 -5 0 3 -1 -3 -3 1 -3 -2 6 0 0 0 1 0 0 49 1 1 16 0 2 11 4 1 1 2 0 3 0.86 1.68 47 G -2 0 0 -3 -4 -1 0 4 0 -5 -3 -2 -3 1 3 0 -1 -2 -2 -3 3 6 5 1 0 3 5 34 2 0 3 1 1 6 16 6 3 0 1 1 0.54 1.69 48 K -2 2 -1 -2 -5 2 -1 -2 -2 -1 0 2 0 1 -1 -2 0 0 -1 2 2 11 3 2 0 10 3 3 1 3 11 15 2 7 3 3 5 2 1 14 0.22 1.69 49 Q -2 2 0 0 -3 0 -1 -3 2 -3 -2 2 -4 -3 5 -1 0 -1 -1 -2 2 10 4 5 1 3 3 1 5 2 4 11 0 1 33 4 5 1 2 3 0.63 1.68 50 V 0 -2 -2 -5 -1 -3 -4 -3 -2 1 0 -4 4 1 -3 -1 3 -1 -1 3 9 2 2 0 1 1 1 2 1 9 7 0 11 6 1 4 18 1 2 24 0.46 1.67 51 V -2 -4 -4 -6 -2 -5 -5 -6 -1 2 1 -5 -1 0 -5 -4 3 -3 1 5 2 0 1 0 1 0 0 0 1 11 14 0 1 3 0 0 17 0 6 42 0.82 1.68 52 L 1 -1 -2 -5 -3 -2 -5 -5 -2 1 1 -5 2 4 -5 -2 -2 -1 1 4 10 3 2 0 0 2 0 1 1 6 12 0 4 17 0 2 2 1 4 33 0.59 1.68 53 L 1 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -4 3 3 -5 1 1 -4 -4 -2 -5 2 3 14 0 0 0 2 0 0 0 0 14 29 0 3 6 1 0 1 0 6 23 0.70 1.68 54 S 0 -3 0 -4 2 -2 -4 -2 -1 1 1 -4 1 -1 -5 3 2 -5 1 0 8 1 4 0 4 1 0 3 1 8 15 0 4 3 0 23 13 0 5 6 0.34 1.68 55 G -3 -2 1 3 -4 -3 -2 4 5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 3 -2 -6 -4 -6 1 2 7 18 0 0 2 32 14 0 0 2 0 0 0 21 2 0 0 0 0.90 1.69 56 S 3 -2 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -2 -5 -5 -3 -5 -6 7 -1 -2 -6 -5 -2 21 2 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 62 4 3 0 0 3 1.64 1.69 57 H -1 -1 -1 5 -6 1 4 -4 -1 -6 -6 2 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -4 -4 6 3 2 30 0 6 32 0 1 0 0 11 0 0 1 4 2 0 0 1 0.90 1.68 58 A 3 -5 -1 0 -3 -3 -3 1 0 0 -1 -4 2 -2 -5 -3 -1 -4 3 2 28 0 3 6 0 1 2 11 3 4 7 0 6 1 0 1 4 0 10 12 0.38 1.68 59 N 3 -5 3 -5 -1 -3 -4 -4 0 4 -1 -4 2 -2 -5 0 -1 -6 -4 2 26 0 14 0 1 1 0 0 3 21 4 0 4 1 0 7 2 0 0 14 0.59 1.68 60 E 1 3 -1 -1 -6 2 4 -3 -1 -5 -4 3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 10 17 2 3 0 10 28 2 1 0 1 20 0 0 0 4 0 0 0 0 0.75 1.68 61 F -1 0 -3 -2 -5 3 2 -4 4 -2 -1 -1 -3 3 -1 -2 1 -2 -1 0 5 4 1 2 0 14 15 1 9 2 7 3 0 13 4 2 9 1 2 7 0.34 1.68 62 F -2 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 5 1 -6 0 4 -6 -5 -4 -5 -3 5 2 0 0 0 1 0 0 0 0 28 10 0 1 17 0 0 0 0 0 39 1.14 1.68 63 F -4 -5 -5 -7 -2 -5 -6 -6 -5 -1 5 -6 3 5 -6 -5 -2 -1 1 -2 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 60 0 6 22 0 0 2 1 4 1 1.24 1.67 64 R -1 1 3 -3 -3 2 -3 -2 -1 -3 -1 3 -1 -1 -4 0 1 -5 -4 1 4 9 14 1 0 8 1 3 1 1 6 17 1 3 1 8 10 0 0 11 0.30 1.53 65 A 2 -1 2 1 -4 -3 0 2 -2 -3 -4 -1 -4 -5 -3 2 2 -5 -4 -1 16 3 9 7 0 1 7 13 1 1 1 3 0 0 1 15 14 0 0 5 0.34 1.54 66 G -2 0 2 1 1 2 0 0 5 -5 -2 2 -3 -4 0 2 -1 -5 -3 -4 2 5 10 7 3 8 6 6 14 0 4 14 0 0 5 13 3 0 1 1 0.41 1.60 67 D 1 1 1 5 -5 -1 1 -3 2 -2 -1 -2 -2 -4 0 0 0 -2 0 -4 11 7 8 28 0 2 7 1 4 2 7 1 1 1 4 6 5 1 3 1 0.40 1.57 68 D 1 2 0 0 -4 1 0 -2 0 -2 -2 3 -3 -3 -2 2 0 -5 -3 -2 11 9 4 6 0 5 7 2 2 2 5 19 0 1 1 15 6 0 1 3 0.27 1.61 69 D 0 -1 3 3 -2 0 1 -4 2 1 -1 -2 -2 -3 -4 -2 -1 -5 0 0 10 3 13 18 1 4 10 0 5 7 7 2 1 1 0 2 4 0 3 8 0.30 1.63 70 L -2 -5 -4 -6 -2 -5 -5 -5 -4 2 2 -4 0 6 1 -4 -3 -3 2 2 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