Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 5 -1 -5 -4 -3 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 1.12 0.98 2 R -2 6 -1 1 -6 4 0 0 -1 -6 -5 2 -4 -6 -3 -3 -3 -5 -4 -5 2 49 1 8 0 18 4 7 1 0 0 9 0 0 1 0 0 0 0 0 1.02 1.19 3 I -3 -5 -4 -4 7 -5 -3 -6 -5 2 3 -5 -2 0 -4 0 -3 -5 -4 2 1 0 1 1 27 0 2 0 0 10 31 0 0 4 1 7 0 0 0 15 0.94 1.33 4 P -2 -1 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -2 -1 -3 -3 -4 -4 7 -3 -2 -5 2 1 2 4 0 1 0 0 0 0 1 3 3 1 0 0 64 1 2 0 9 9 1.58 1.41 5 L 0 -5 -4 -3 -5 -4 -5 -5 1 1 3 -4 2 6 -5 -4 -1 1 3 -1 8 0 1 1 0 0 0 0 4 6 24 1 4 31 0 0 4 1 10 2 0.77 1.47 6 D -2 -3 0 7 -4 -2 0 -3 1 -6 -5 -3 -6 -3 -1 -1 -4 -6 -1 -6 2 1 2 74 0 1 3 1 3 0 1 0 0 1 2 5 0 0 2 0 1.58 1.54 7 P -2 -2 -3 -3 -5 -3 -2 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -5 8 -2 -2 -6 -4 -3 3 3 1 1 0 0 3 2 0 1 3 0 0 0 77 2 2 0 0 2 2.00 1.56 8 F -1 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 0 -3 -1 -3 -1 7 -2 -2 -1 1 3 -1 6 2 1 1 0 1 2 3 2 1 4 1 1 50 3 3 4 2 10 4 1.00 1.52 9 V 1 1 -2 1 -4 -2 -3 0 3 1 0 -1 -2 -1 0 -1 -1 -2 -1 2 14 7 1 7 0 1 1 9 9 8 8 3 0 3 4 4 4 1 2 13 0.16 1.54 10 T 3 2 -3 0 -1 2 1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 0 0 0 -5 -1 -2 26 12 1 4 1 10 11 3 1 2 4 1 1 1 5 5 6 0 2 3 0.31 1.54 11 D -3 -1 4 6 -2 -2 2 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -5 2 3 17 52 1 1 11 2 1 1 1 1 0 1 1 2 1 0 1 0 1.16 1.57 12 L -2 -1 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -3 -2 0 -4 -2 -1 8 -4 -3 -3 -3 -3 3 4 0 0 0 0 1 1 0 3 10 0 1 3 70 0 1 0 1 1 1.78 1.64 13 D -1 -4 -3 1 -6 -2 -2 -3 5 -4 -3 -4 -4 2 3 -2 -3 2 7 -2 4 1 1 8 0 2 2 1 14 1 2 0 0 7 13 2 1 2 36 3 0.98 1.71 14 G 2 -1 -4 0 -3 -1 1 0 -2 -5 -5 -3 -5 -5 6 -2 -2 -6 -5 -4 21 3 0 4 0 2 11 6 1 0 1 1 0 0 45 2 2 0 0 1 1.09 1.71 15 E 1 -1 -4 -1 -3 -1 2 -1 0 1 0 -3 1 2 -4 -3 0 3 0 1 14 3 0 3 0 3 16 4 2 6 11 1 3 9 0 1 5 3 3 11 0.23 1.70 16 S -3 -5 -4 -6 -2 -4 -5 -5 0 -2 1 -5 0 5 -5 -4 -3 4 7 -2 1 0 1 0 1 0 0 0 2 2 16 0 3 19 0 1 1 5 46 1 1.38 1.70 17 A 4 3 -2 1 -5 0 1 -2 0 -5 -4 0 -4 -4 -3 -1 -1 -6 -5 -3 39 19 1 9 0 3 9 3 2 0 1 5 0 1 1 2 3 0 0 1 0.62 1.71 18 R 1 5 -3 -1 -5 2 3 -3 0 -5 -3 0 -3 -4 -3 -2 -1 4 -2 -3 13 27 0 3 0 8 21 2 2 0 2 4 0 1 1 2 4 5 1 2 0.60 1.71 19 L -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -2 1 5 -4 5 -1 -6 -4 -4 -2 -1 -1 6 0 0 0 0 0 0 0 1 6 67 0 13 2 0 1 0 0 2 3 1.20 1.71 20 R -3 8 -3 -5 -5 0 -3 -4 0 -5 -2 -1 -1 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -5 2 84 0 0 0 3 0 1 2 0 3 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1.91 1.71 21 A 3 3 -2 2 -4 0 4 -2 -2 -5 -5 0 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -3 26 16 1 10 0 4 24 3 1 0 0 5 0 0 0 4 3 0 0 1 0.63 1.72 22 A 1 2 1 0 -4 2 4 -2 4 -4 -4 0 -4 -5 -3 -1 1 -6 -3 -4 11 10 6 4 0 10 26 3 10 1 1 4 0 0 1 4 8 0 0 1 0.54 1.73 23 G 3 0 -1 1 2 0 1 4 0 -6 -5 -2 -4 -6 -3 0 -2 -6 -5 -5 23 6 2 9 4 4 11 27 2 0 0 2 0 0 1 5 2 0 0 0 0.55 1.71 24 P -2 -3 -5 -3 -6 -3 -3 -1 -5 -6 -6 -4 -5 -7 8 -2 -2 -4 -6 -5 3 1 0 1 0 0 1 5 0 0 0 0 0 0 82 2 2 0 0 0 2.32 1.72 25 L -2 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -6 -6 3 2 -5 1 -1 -3 -5 -3 -4 -4 6 2 1 0 0 0 0 0 0 0 12 21 0 3 2 1 0 1 0 0 55 1.13 1.72 26 A 2 -1 -3 -4 1 -2 -3 -3 6 -2 -2 -3 0 2 -3 1 1 3 3 1 16 3 1 0 3 1 1 1 17 2 3 1 2 7 1 10 9 4 11 9 0.48 1.70 27 A -3 5 -3 -4 -5 1 -2 -4 2 -4 -3 0 -3 -1 2 -3 -3 7 2 -3 2 34 1 1 0 5 3 1 5 1 2 6 0 2 10 1 1 16 8 1 0.95 1.62 28 V 0 -4 2 -1 -2 -2 -3 -1 1 1 -1 -3 0 -1 -3 -1 0 1 -1 4 8 1 11 4 1 2 1 5 4 8 5 1 3 3 1 4 5 2 2 32 0.36 1.51 29 E -1 3 -2 1 -4 0 3 -2 0 -3 -1 -1 -2 -3 1 0 1 -4 -3 -1 4 17 2 7 0 4 22 3 3 1 6 2 1 1 8 5 9 0 1 5 0.34 1.45 30 L -1 -1 -2 -1 -4 0 0 -2 -1 0 3 -2 2 2 0 -2 1 -2 0 0 4 3 2 4 0 5 7 3 1 4 24 2 5 10 5 3 8 1 3 6 0.20 1.45 31 P 0 -2 -2 0 -4 -2 0 -1 0 -2 -1 -3 0 1 5 -1 -2 4 1 -2 9 2 1 6 0 1 7 5 2 2 5 1 3 5 32 5 3 5 4 2 0.55 1.46 32 G -1 -2 1 5 -4 -2 0 3 -1 -4 -3 -3 -3 -2 1 0 -2 -3 0 -3 6 2 6 30 0 2 5 20 2 1 2 1 1 2 6 7 2 0 4 2 0.52 1.51 33 G 0 -1 -2 2 -3 -1 -1 5 -2 -4 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -3 -2 -1 -4 6 3 2 10 0 2 3 49 1 1 3 4 1 3 2 4 1 1 2 1 0.71 1.50 34 V -1 2 -1 1 -4 0 0 0 2 -1 0 -1 -1 -2 0 1 0 -4 1 0 4 12 3 7 0 3 5 8 5 3 9 3 2 1 5 12 5 0 4 7 0.11 1.52 35 P -2 0 -1 1 -4 0 1 3 -1 -4 -2 0 -4 -4 4 -2 0 -3 -3 -1 3 6 3 8 0 4 9 23 1 1 4 5 0 1 18 2 6 0 1 4 0.39 1.51 36 V 3 -4 -4 -5 0 -2 -3 0 -2 -1 -2 -4 2 5 -2 -2 -1 -2 2 2 25 0 0 0 2 2 1 8 1 3 3 0 6 21 2 2 4 0 6 12 0.50 1.62 37 W -4 -4 -6 -6 -5 -5 -5 -5 -2 -4 -2 -5 -2 1 -4 -5 -3 12 4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 3 0 1 4 1 0 1 70 11 2 2.89 1.64 38 A 2 -5 -3 -4 0 -2 -4 -4 -2 0 4 -5 1 -1 -5 -1 -3 0 -1 3 21 0 1 1 2 2 1 1 1 5 35 0 4 2 0 4 1 1 2 18 0.56 1.67 39 V 1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 2 -5 -1 -1 -3 -4 -1 -6 -4 6 10 0 0 0 0 0 0 0 0 12 18 0 1 2 1 0 3 0 0 53 1.05 1.72 40 T -1 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -1 -4 -2 1 -3 3 6 -5 -3 -1 5 0 0 0 1 0 0 2 1 1 6 0 1 7 1 20 51 0 1 5 0.94 1.71 41 H -3 6 -3 -1 -5 -3 -3 3 -1 -6 -4 2 -5 -6 -5 0 0 -6 -5 -6 1 50 0 4 0 0 0 21 2 0 1 9 0 0 0 6 5 0 0 0 1.11 1.72 42 H -4 -3 -3 -4 -6 -3 -4 -6 8 -5 -3 -4 -2 2 -4 -4 -5 -1 8 -5 1 1 0 1 0 0 0 0 38 0 2 0 1 7 1 0 0 1 47 0 1.95 1.72 43 A 4 0 -2 4 -5 0 3 -3 0 -6 -6 0 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -4 -4 32 6 1 23 0 4 22 1 2 0 0 4 0 0 1 3 1 0 0 1 0.78 1.72 44 E 0 -4 -2 6 -6 -2 3 -3 0 -4 -2 -4 -3 -6 -4 -3 -2 -7 -4 -2 9 0 0 54 0 1 18 1 3 1 5 0 0 0 0 1 2 0 0 4 1.15 1.72 45 A 2 -6 -3 -6 2 -5 -5 -4 -6 3 0 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -6 -4 6 16 0 2 0 5 0 0 1 0 16 5 0 0 0 0 1 2 0 0 52 1.03 1.72 46 K -1 5 0 -1 -1 0 -1 -4 1 -3 -1 2 2 -3 -5 0 -2 -1 -3 0 5 31 4 4 2 3 4 1 4 1 7 13 5 1 0 6 2 1 1 7 0.48 1.73 47 A 4 2 -3 -1 -4 3 2 -3 -1 -5 -4 0 -2 -1 -4 0 1 -3 -2 -4 32 10 0 3 0 12 13 1 1 0 1 5 1 3 0 5 9 0 2 1 0.50 1.73 48 L 2 -6 -6 -6 -1 -5 -5 -3 -6 3 2 -5 1 -2 -5 -4 -3 -6 -4 5 16 0 0 0 1 0 0 2 0 14 16 0 3 1 0 0 1 0 0 45 0.93 1.73 49 L -1 -5 -4 -5 -4 -4 -1 -5 -2 -1 5 -4 1 2 -5 1 -1 -4 0 -2 5 0 0 0 0 1 4 0 1 1 59 1 3 8 0 10 3 0 3 2 0.84 1.71 50 T 1 5 -2 -3 -4 0 -3 0 1 -4 -3 2 -2 -4 -4 1 1 -6 -3 -2 13 30 1 1 0 3 1 7 3 1 3 13 1 0 1 10 9 0 1 2 0.52 1.71 51 D -3 -2 2 7 -6 -1 -1 -4 2 -6 -6 -3 -6 -6 -5 0 -2 -7 -5 -6 2 2 8 71 0 2 1 0 4 0 0 0 0 0 0 6 3 0 0 0 1.63 1.71 52 P -1 2 1 0 -5 0 -1 -2 2 -5 -5 -1 -5 -3 6 1 0 1 -1 -4 4 10 7 4 0 4 4 4 6 0 1 3 0 1 36 9 5 2 2 1 0.75 1.70 53 R 0 6 -2 1 -4 1 2 -2 -1 -5 -4 0 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -4 -3 7 46 1 8 0 5 14 3 1 0 2 5 0 0 0 2 4 0 0 2 0.88 1.69 54 L -3 -1 -3 -4 -5 -4 -4 -5 -2 1 2 -5 1 6 -5 -2 2 -1 -1 1 2 4 1 1 0 0 0 0 1 6 21 0 3 31 0 2 14 1 1 11 0.71 1.69 55 V -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 1 -4 -3 -2 -3 -3 6 -5 4 -1 0 1 -1 3 2 1 0 1 1 0 11 0 1 3 1 0 31 0 32 2 1 4 5 0.79 1.67 56 K 0 3 0 -3 -2 -2 -3 -3 0 -3 -3 1 -3 -4 -3 5 0 -4 -4 -1 7 19 5 0 1 1 0 1 2 2 2 10 1 0 1 40 5 0 0 4 0.67 1.64 57 D -1 -1 3 4 -3 -1 0 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 4 -1 -5 -4 -3 4 4 14 23 0 2 5 4 1 1 1 2 1 1 2 29 4 0 0 2 0.60 1.58 58 I 2 2 -1 0 -2 -1 0 0 0 -1 -1 0 -1 -2 2 -1 -1 1 0 -1 15 13 3 5 1 3 5 7 3 4 5 4 1 2 11 4 3 2 3 5 0.14 1.50 59 N 0 4 0 0 -4 0 0 -1 0 -1 -1 0 0 -2 1 0 1 -3 -1 -1 7 20 4 5 0 4 5 6 2 4 5 4 3 2 8 5 9 0 3 4 0.19 1.41 60 V 0 2 0 -1 -2 -1 -1 0 3 0 0 0 -1 -1 1 -1 0 -3 0 -1 9 13 4 3 1 3 5 8 7 5 8 6 1 2 6 5 5 0 3 5 0.11 1.32 61 W 0 0 -1 0 -2 0 0 0 0 -2 -1 -1 -1 0 3 0 1 5 0 -1 8 4 3 5 1 4 5 7 2 3 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V 1 -4 0 -3 -1 -3 -3 2 -3 1 1 -3 4 -2 -1 0 1 0 -3 2 12 1 4 1 1 1 1 14 1 7 11 1 9 1 3 5 9 1 1 14 0.26 1.52 286 L -1 -2 -2 -4 -1 1 -3 -2 -2 1 1 -2 2 4 0 -1 3 1 -2 0 5 2 2 1 1 6 1 3 1 7 13 2 5 19 5 3 17 2 0 6 0.33 1.53 287 I 1 3 -1 -3 -3 0 -2 0 -2 -1 -1 -1 3 0 2 0 0 -1 -1 -2 14 17 3 1 1 4 2 7 1 3 5 3 8 4 12 6 5 1 2 3 0.25 1.54 288 R -5 8 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -6 -5 -1 -3 -5 -5 -3 -4 -6 -3 -5 0 96 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 2.31 1.67 289 F -2 -2 -4 -5 -1 -3 -3 -5 -2 1 -1 -3 0 3 -5 -2 4 4 4 3 3 2 0 0 1 1 2 0 1 9 5 1 2 10 0 2 25 6 13 18 0.61 1.66 290 A 6 -5 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -1 1 -6 -5 1 69 0 0 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 0 3 2 10 0 0 10 1.16 1.67 291 A 1 0 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -2 -1 1 0 0 -4 -4 -1 5 -5 -1 1 12 6 1 1 0 2 0 1 1 2 16 6 2 0 1 2 37 0 2 8 0.54 1.68 292 E 1 3 -3 0 -1 1 5 -3 -1 -5 -5 0 -3 -6 -4 -2 0 -6 -5 -2 10 17 0 4 2 7 42 2 1 0 0 6 0 0 0 1 5 0 0 3 0.79 1.66 293 D -3 -4 -2 8 -6 -3 1 -4 -4 -6 -6 -4 -6 -7 1 -3 -3 -7 -6 -6 2 1 0 78 0 0 9 1 0 0 0 0 0 0 7 1 1 0 0 0 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