Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 -1 1 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 2.14 0.99 2 D 0 -3 -1 4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 3 5 -5 -4 -2 6 0 2 23 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 21 43 0 0 2 0.88 1.06 3 A 5 -3 -3 -3 -3 -2 0 -2 -4 -2 -4 -3 -2 -5 -4 2 2 -5 -4 1 46 1 0 1 0 1 6 2 0 1 0 0 1 0 0 17 11 0 0 12 0.66 1.17 4 R 2 3 -2 0 -4 1 2 -3 -3 -1 -3 0 -1 -5 1 0 2 -5 -4 -1 21 20 1 5 0 6 12 1 0 3 1 4 1 0 6 5 12 0 0 3 0.37 1.20 5 A 4 -2 -4 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -3 -2 -3 3 1 0 -5 -4 0 42 2 0 2 1 3 4 2 2 4 2 0 1 1 14 12 4 0 0 5 0.54 1.25 6 T 1 0 -1 -1 -4 -1 -3 1 -4 -1 -3 -1 -2 -5 3 1 4 -5 -5 -1 12 6 2 3 0 2 1 9 0 3 1 3 1 0 13 8 32 0 0 3 0.48 1.30 7 I -1 -2 -1 2 3 -3 0 -4 -2 2 1 -2 -2 -3 -2 0 -1 -5 -4 3 5 2 2 14 6 0 7 1 1 11 11 2 1 1 2 6 4 0 0 24 0.32 1.28 8 P 1 -4 -4 -1 -5 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -1 -4 -4 7 -1 -1 -6 -5 -3 14 0 0 4 0 1 2 3 1 1 0 3 0 0 62 4 3 0 0 2 1.49 1.34 9 E 0 -2 -1 3 -5 3 3 -2 -1 -4 -2 -2 -2 -4 2 1 0 0 -2 -2 7 1 1 18 0 14 20 2 1 0 4 1 1 1 9 10 5 1 1 3 0.43 1.34 10 H 2 -1 0 3 -4 -1 1 -2 5 -3 -3 -2 -4 -3 0 0 1 2 -3 -2 18 3 4 16 0 2 10 3 15 1 2 1 0 1 6 7 7 3 0 2 0.42 1.31 11 I 2 -3 -3 0 -2 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 3 -2 0 -2 2 -5 -3 3 19 1 1 6 1 1 0 0 0 11 11 1 9 2 4 2 11 0 1 18 0.37 1.36 12 A 4 -1 -2 -1 -4 1 0 0 1 -3 -3 -3 -4 -2 2 1 -1 -2 -4 -2 33 3 1 3 0 6 7 8 4 1 2 0 0 2 12 12 4 1 0 2 0.41 1.41 13 R 1 4 0 1 -3 1 1 -2 -1 -3 0 1 -3 -2 0 -1 -1 -5 -2 -2 11 21 5 7 1 5 8 3 2 1 10 9 0 2 5 3 4 0 2 3 0.24 1.39 14 T 1 -2 -1 1 -4 0 0 -4 0 -2 1 -3 -3 -2 1 -2 2 1 -4 2 12 2 3 8 0 4 7 0 3 1 17 1 0 2 8 2 14 2 0 16 0.25 1.45 15 V 0 -3 -3 2 -1 -4 -3 -4 -2 2 2 -4 0 0 1 -2 -1 -5 1 2 8 2 1 13 1 0 1 1 1 11 23 0 2 4 6 2 3 0 5 16 0.33 1.50 16 I 2 -5 -5 -3 -3 -3 -5 -3 -2 1 1 -5 -1 4 2 -1 0 -2 2 0 19 0 0 1 0 1 0 1 1 8 14 0 1 20 11 4 6 0 5 6 0.46 1.53 17 L -2 -2 1 6 -5 -3 -1 -4 0 -3 0 -3 -1 2 -2 0 -2 -2 0 -2 2 2 5 46 0 1 2 1 2 1 9 1 2 10 2 7 2 0 3 2 0.74 1.55 18 P -2 -2 -4 -4 -5 -3 -3 -2 0 -5 -4 -4 -5 -4 8 -2 -2 -6 -4 -4 3 3 1 1 0 1 1 4 3 0 2 0 0 1 77 2 2 0 0 1 2.02 1.56 19 Q 1 0 -2 0 -5 0 0 -3 2 -2 -1 -1 0 4 -2 -1 0 1 3 -2 10 6 1 6 0 5 7 2 4 1 4 3 3 19 2 3 6 2 10 2 0.31 1.56 20 G 1 -2 0 4 -4 -1 -1 1 0 -2 -1 -3 -3 1 -1 1 0 -1 -3 -1 12 2 4 27 0 2 2 9 2 2 8 1 1 6 3 10 5 1 1 4 0.33 1.56 21 Y -1 3 -4 -2 -4 -2 -2 -4 0 -2 -1 -2 -1 3 3 -2 -2 1 5 -1 5 16 0 3 0 1 3 1 2 3 5 2 1 13 17 2 2 2 18 4 0.54 1.54 22 A 4 2 -3 1 -4 0 1 -1 -2 -3 -3 -3 -3 -2 0 -1 1 -2 -1 -1 34 10 1 7 0 5 7 5 1 1 3 0 0 2 4 4 10 0 2 3 0.36 1.55 23 D -1 -2 1 4 4 -1 -1 -3 0 0 -2 -3 -3 4 -3 -1 -2 0 0 -2 4 2 6 27 8 3 3 2 2 5 4 1 0 16 1 5 2 1 3 3 0.46 1.51 24 D -2 1 0 3 -4 -2 0 0 3 -1 -2 -1 -2 -1 4 -3 -2 1 -3 -1 4 9 4 14 0 2 7 8 6 4 4 3 1 3 21 1 2 2 1 6 0.36 1.46 25 E 2 2 -1 2 -3 1 1 -1 0 -3 -1 -2 -1 1 1 -2 -2 -4 1 -2 15 11 3 11 0 7 10 4 2 1 8 2 2 5 6 2 2 0 5 3 0.19 1.46 26 V -1 1 3 5 -5 -1 1 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -1 0 0 -3 -1 5 6 14 34 0 2 7 1 2 1 4 2 1 3 2 3 5 2 1 5 0.56 1.53 27 I -2 -1 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -2 -1 0 -4 -1 -1 8 -4 -3 1 -4 -3 4 3 0 0 0 1 1 0 1 3 10 0 2 3 67 0 1 2 0 1 1.67 1.64 28 Y -3 -3 -4 0 -5 -2 -2 -3 5 -4 -2 -4 -4 3 2 -3 -3 4 7 -2 2 1 0 6 0 2 2 2 15 0 3 0 0 9 11 2 1 5 36 2 1.04 1.61 29 P 2 -2 -3 0 -4 -2 2 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -5 7 -2 -2 -6 -5 -4 17 2 1 5 0 1 12 5 1 0 1 1 0 0 48 2 2 0 0 1 1.15 1.65 30 A 2 -2 -4 -3 -3 -1 1 -1 -1 1 0 -3 1 2 -3 -3 0 4 2 2 15 3 1 1 0 2 10 4 2 7 8 1 3 9 1 1 6 5 7 12 0.24 1.65 31 F -4 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -6 0 -2 1 -5 -1 5 -6 -4 -4 4 7 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 2 1 13 0 1 26 0 0 1 6 45 2 1.51 1.67 32 K 4 3 -2 2 -5 -1 2 -2 0 -5 -4 1 -4 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -3 37 17 1 10 0 2 11 3 2 0 1 7 0 0 0 2 4 0 0 2 0.62 1.69 33 W 1 5 -3 -1 -6 2 3 -3 0 -4 -3 0 -4 -5 -3 -2 -1 4 -1 -3 12 31 0 3 0 8 20 1 3 0 2 3 0 0 1 2 5 5 2 2 0.66 1.69 34 L -1 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -2 1 5 -4 5 -1 -6 -4 -4 -2 -2 -1 5 0 0 0 0 0 0 0 1 5 67 0 13 1 0 1 0 0 1 3 1.20 1.69 35 R -3 8 -3 -5 -5 0 -3 -5 -1 -5 -3 -1 -2 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -5 1 88 0 0 0 2 0 0 1 0 3 0 1 0 0 1 0 0 0 0 2.03 1.69 36 D 3 3 -1 2 -5 0 4 -2 -2 -5 -5 1 -5 -6 -4 0 -1 -6 -5 -3 23 16 2 12 0 3 23 3 1 0 0 6 0 0 0 5 3 0 0 1 0.60 1.68 37 E 0 2 1 0 -4 3 4 -2 3 -4 -4 0 -4 -6 -4 -1 0 -6 -4 -4 9 10 6 5 0 11 31 2 7 1 2 5 0 0 0 3 7 0 0 1 0.57 1.69 38 Q 3 1 -1 2 2 0 2 3 0 -5 -5 -2 -3 -5 -3 0 -2 -6 -4 -4 25 6 2 11 4 5 12 20 2 0 0 2 0 0 1 6 3 0 0 0 0.50 1.68 39 P -2 -3 -5 -3 -6 -4 -3 -1 -5 -5 -6 -4 -5 -7 8 -2 -3 -7 -6 -5 2 1 0 1 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 86 2 1 0 0 0 2.45 1.68 40 L -2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 3 2 -5 1 -1 -4 -5 -3 -6 -4 6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 12 18 0 2 2 1 0 0 0 0 59 1.19 1.68 41 A 1 -1 -3 -4 1 -2 -3 -3 6 -2 -1 -3 -1 2 -4 1 1 2 3 0 13 3 1 0 3 2 1 2 20 2 5 1 2 8 1 9 8 3 11 7 0.51 1.66 42 M -3 5 -4 -5 -5 0 -3 -5 2 -4 -2 0 -3 1 0 -4 -4 8 4 -3 2 32 0 0 0 3 1 0 4 1 3 5 0 6 5 0 1 19 14 2 1.06 1.64 43 A 0 -4 2 0 2 0 -3 -1 2 0 -1 -4 0 -2 -3 0 0 1 -3 3 6 1 10 5 4 5 1 5 6 5 5 0 2 2 1 8 6 2 1 25 0.28 1.60 44 H 0 3 -2 1 -5 0 3 -3 2 -4 -3 -1 -2 -4 3 -1 1 -4 -3 -2 7 14 1 7 0 4 18 1 5 1 2 3 1 1 16 5 9 0 1 3 0.42 1.57 45 I -1 -1 0 0 -4 0 1 -3 0 -1 2 -1 2 2 1 -2 0 -2 0 0 5 4 4 5 0 5 9 1 2 3 19 4 5 7 8 3 6 0 3 6 0.13 1.52 46 E 1 -1 -2 0 -4 -3 0 -1 0 -2 -1 -2 0 0 4 0 -1 3 1 -2 10 3 2 5 0 1 8 5 2 2 7 2 3 4 24 9 4 4 6 2 0.35 1.48 47 G -1 -1 1 4 -4 -1 0 3 -1 -4 -4 -1 -3 -2 1 -1 -2 -3 0 -4 5 4 7 26 0 2 5 21 2 1 2 3 1 2 8 4 2 0 4 1 0.48 1.49 48 Y -1 -1 -2 1 -3 -1 -1 4 2 -2 -2 -2 -1 2 -1 -2 -2 -1 2 -2 4 3 2 7 0 2 4 36 4 3 4 2 2 8 3 3 2 1 8 3 0.45 1.30 49 D -1 2 -1 2 -3 0 1 2 2 -2 -1 -1 -1 -2 0 0 -1 -3 -1 -1 4 10 2 10 0 3 8 18 4 2 6 4 2 1 5 8 4 0 2 5 0.17 1.29 50 P -1 0 -1 0 -4 0 1 4 -2 -3 -2 -1 -2 -4 4 -2 0 -4 -3 -2 4 5 2 5 0 4 8 27 1 1 4 3 1 1 21 2 6 0 1 4 0.48 1.35 51 M 2 -4 -4 -4 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -1 -4 2 5 -2 -1 -1 -2 3 2 17 0 1 1 2 1 1 6 2 2 4 0 5 25 2 5 5 0 9 13 0.50 1.59 52 W -3 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -3 0 -5 -5 -3 12 4 -2 2 1 0 0 1 0 0 0 1 1 2 0 0 3 0 0 1 72 12 3 2.96 1.64 53 I 3 -5 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -1 0 3 -5 1 -1 -5 1 -3 -2 -1 3 21 0 1 1 1 1 0 1 1 4 28 0 3 2 0 10 1 1 2 20 0.50 1.67 54 A 0 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 2 -5 -1 -2 -3 -4 -2 -6 -4 6 9 0 0 0 0 0 0 0 0 14 18 0 1 1 1 0 2 0 0 54 1.10 1.69 55 T -1 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -2 1 -3 3 6 -5 -3 0 5 0 0 0 1 0 0 1 1 0 3 0 1 7 1 20 55 0 1 5 1.06 1.69 56 K -3 6 -3 -1 -6 -3 -3 2 -1 -6 -4 2 -5 -6 -5 -1 0 -6 -5 -5 1 53 0 3 0 0 0 17 1 0 1 11 0 0 0 5 6 0 0 0 1.15 1.67 57 H -4 -2 -3 -5 -6 -3 -4 -6 8 -4 -3 -4 -2 2 -5 -4 -5 0 8 -5 1 1 1 0 0 0 0 0 36 0 1 0 1 8 0 1 0 1 48 0 1.95 1.69 58 A 4 -1 -1 4 -5 0 4 -3 0 -5 -5 0 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -4 -4 31 4 2 21 0 4 25 1 2 0 0 4 0 0 1 3 1 0 0 0 0.78 1.69 59 D 0 -4 -2 7 -6 -2 3 -3 -1 -5 -2 -4 -4 -6 -3 -3 -2 -7 -6 -2 8 0 0 61 0 1 15 1 2 0 5 0 0 0 1 1 2 0 0 3 1.28 1.69 60 V 2 -6 -4 -6 2 -5 -5 -4 -6 4 -1 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -6 -4 5 17 0 1 0 5 0 0 1 0 22 4 0 0 0 0 1 1 0 0 48 1.06 1.69 61 M -1 5 -1 -1 -1 0 -1 -4 0 -2 0 2 3 -3 -5 -1 -2 -1 -2 1 6 28 3 4 1 4 4 1 3 1 8 13 8 1 0 4 2 1 1 9 0.43 1.69 62 Q 4 2 -3 -1 -4 2 2 -4 0 -5 -4 0 -2 -1 -4 0 1 -4 -2 -4 34 10 1 4 0 10 13 1 3 0 1 5 1 3 0 4 9 0 2 1 0.50 1.69 63 I 2 -6 -6 -6 -2 -5 -5 -3 -6 3 1 -5 1 -2 -5 -4 -3 -6 -4 5 17 0 0 0 1 0 0 2 0 14 12 0 3 1 0 0 1 0 0 48 0.98 1.69 64 G -1 -5 -3 -1 -4 -3 0 -5 -2 -2 5 -5 0 2 -6 1 -2 -4 1 -2 4 0 1 4 0 1 6 1 1 1 54 0 2 8 0 10 1 0 5 1 0.72 1.69 65 K 1 5 -1 -3 -4 0 -2 -1 0 -3 -3 3 -2 -4 -3 0 2 -6 -3 -2 12 29 2 1 0 4 1 5 2 1 3 15 1 0 1 8 11 0 1 3 0.52 1.69 66 Q -3 -1 3 7 -6 -1 -1 -4 2 -6 -5 -3 -6 -6 -5 -1 -3 -7 -5 -6 1 3 12 69 0 2 1 0 5 0 1 0 0 0 0 4 1 0 0 0 1.60 1.67 67 P -1 0 1 -2 -4 -1 -2 -2 4 -5 -5 -1 -4 -3 6 1 0 3 -1 -4 4 5 8 2 0 3 2 2 10 0 1 3 0 1 35 9 6 4 2 1 0.80 1.62 68 G 0 5 -2 2 -4 1 3 -2 -1 -5 -3 1 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -3 7 36 1 9 0 6 19 3 1 0 2 5 0 0 0 2 4 0 0 2 0.72 1.65 69 L -2 1 -2 -3 -4 -3 -4 -5 1 1 2 -4 0 4 -5 -1 3 -2 -2 2 3 7 2 2 0 1 1 1 3 7 19 0 2 16 0 3 20 0 1 12 0.45 1.60 70 F -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -2 -1 -3 -2 7 -4 2 -2 1 2 -2 2 2 1 1 0 1 1 4 0 1 4 2 1 51 1 17 2 2 5 3 1.07 1.50 71 S 0 0 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -2 -3 1 -3 -4 -3 5 0 -4 -4 -1 5 6 3 1 2 1 1 2 2 2 3 7 0 0 1 55 6 0 0 4 0.75 1.49 72 N -1 0 3 3 -4 -2 -2 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 5 0 -3 -4 -3 4 5 14 13 0 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 44 4 0 0 2 0.70 1.46 73 A 2 2 -1 1 -1 0 1 0 -1 -2 -3 -1 -1 -3 1 0 -1 1 -1 -1 20 10 2 7 2 4 9 8 2 3 3 3 1 1 6 7 3 2 2 5 0.17 1.43 74 E 0 4 0 0 -4 0 0 -1 0 -1 -1 1 -2 0 2 -1 0 -1 -1 -2 7 21 4 5 0 5 6 6 2 4 5 7 1 3 9 3 5 1 3 3 0.20 1.41 75 G 1 2 1 -2 -4 -1 -2 4 1 -2 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -3 -1 -1 10 10 6 3 0 2 2 30 3 2 4 6 1 2 3 5 4 0 2 4 0.33 1.41 76 S 0 0 0 -1 -1 -1 -2 0 0 1 0 -2 0 -1 2 0 1 0 -1 0 8 5 5 4 1 3 3 8 2 8 9 2 2 3 12 7 7 1 2 8 0.09 1.39 77 E 0 1 0 0 -3 -1 1 1 0 0 -2 -2 0 -2 -1 0 2 2 -2 0 9 9 3 5 0 3 8 11 3 5 5 2 2 2 3 6 12 2 1 7 0.10 1.37 78 I 0 0 -1 -1 -3 -1 -1 0 -1 2 2 -1 0 2 2 -2 0 -2 -1 1 7 5 3 3 0 2 4 6 1 10 16 3 2 8 9 3 5 1 2 8 0.12 1.34 79 L 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 0 -1 1 1 -2 2 0 3 -2 -1 0 -3 0 7 4 3 6 1 2 4 8 2 9 12 2 4 4 15 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